A Makk Ferenc történészprofesszorral készített vitaindító interjúból kiviláglottak az egyetemtörténeti disputa főbb pontjai. Kérdésként fogalmazódott meg, hogy valóban egyetemnek tekinthető-e a Báthory által alapított iskola. E témához kapcsolódóan Békési Imre nyelvészprofesszor a collegium, a seminarium és az academia fogalmakat tisztázó írásából is tájékozódhatott az olvasó. Az alapítás további problémája, hogy nem kapott pápai jóváhagyást, bár – mint azt a hozzászólók közül többen is kiemelték – ez önmagában nem lehet kizáró tényező, mivel több korabeli, nemzetközileg elismert egyetem is enélkül működött (uralkodói alapítással, jóváhagyással).
Kérdéses volt az egyetemi színvonalú oktatás megléte a kolozsvári akadémiában. Balázs Mihály irodalomtörténész-professzor szerint kétségbevonhatatlan a fejedelem egyetemalapítási szándéka, ilyen jellegű képzés azonban nem tudott teljességében kibontakozni, ám a vitában többen jelezték, ez nem azt jelenti, hogy meg sem indult.
Bizonyításra várt a Báthory-egyetem és az SZTE közötti folytonosság – kérdésként merült fel, mit lehet kezdeni az alapítási dátumokkal: 1581, 1872, 1940 és 2000. Péter László irodalomtörténész-, helytörténész-professzor szerint minden dátum a maga helyén számon tartandó és megünneplendő, jóllehet az 1581-es évszámnak rendelődik alá.
Az egyetemalapítás fogalmát az áthelyezésektől és különféle névadásoktól élesen elkülönítette Incze Miklós történész, és a folytonosság kérdésében a történeti összehasonlító módszer hangsúlyozásával meggyőzően érvelt amellett, hogy az universitas fejlődése során bekövetkezett megszakítások lényegében nem változtatnak az alapvető történeti folyamatosságon.
A megszűnések és szünetelések ellenére meglévő kontinuitás jól látható Ruszoly József jogtörténész-professzor írásában is, aki a jogi kar történetét követte végig. Hencz Péter orvos szerint az universitas szellemi folyamatosságát 1581-1773 között az alapító és működtető jezsuiták biztosították.
A Báthory-örökség kérdése alapvetően jogi, történeti és érzelmi alapon vizsgálandó – írta Bikfalvi Géza jezsuita rendtörténész, aki szerint a kolozsvári universitas és a szegedi egyetem folytonossága tisztán európai alapon is vállalható, ahogyan ezt a Babes-Bolyai Tudományegyetem is teszi. Ezen egyetem alapjaiban meg lehetne találni Báthory universitasának köveit – emelte ki Minker Emil gyógyszerészprofesszor a „fizikai” folytonosságot is. A két egyetem „közös ősre” való visszavezethetőségét Vincze Gábor történész is hangsúlyozta.
A vita a SZAB Filozófiai és Történettudományi Szakbizottsága által szervezett 2007. május 2-i egyetemtörténeti konferencián folytatódott, amelynek megnyitóján Almási Tibor bölcsészkari dékán a kérdéskör kettéválasztására tett javaslatot. Egyrészt a kolozsvári egyetem hagyományának mibenléte mint tudományos-szakmai feladat vár megoldásra, másrészt az örökség vállalása a kérdés. Makk Ferenc, az egyetemtörténeti bizottság elnöke lapunkban úgy öszszegzett, bebizonyosodottnak tekinthető, hogy Báthory egyetemet alapított, és a kolozsvári közös ősnek mint „múltunk közös örökségének” elismerése a két utódegyetemen keresztül a román és a magyar népet is képes lenne közelebb hozni egymáshoz.
Arany Mihály